ホクトに代(か)わって指導(しどう)長(ちょう)代理(だいり)を任(まか)された三原(みはら)フタバは、個性(こせい)豊(ゆた)かなシンカリオンの運転士(うんてんし)たちをどうまとめていけばいいか悩(なや)んでいた。その悩(なや)みを聞(き)いた指令(しれい)長(ちょう)の出水(いずみ)シンペイは、ハヤトたちを含(ふく)めた研究所(けんきゅうじょ)スタッフ総出(そうで)での温泉(おんせん)旅行(りょこう)を提案(ていあん)する。
不思議(ふしぎ)なことに、敵(てき)は一行(いっこう)の旅行先(りょこうさき)近辺(きんぺん)に出現(しゅつげん)した。秘湯(ひとう)めぐりに行(い)ってしまった出水(いずみ)が戻(もど)らないなか、ハヤトたちはフタバを中心(ちゅうしん)に敵(てき)に立(た)ち向(む)かう。