正式に「シンカリオンＺ Ｅ５はやぶさ」の運転士となったシンは、シンカリオンの操縦シミュレーションのため、再び碓氷峠鉄道文化むらを訪れる。そこで待っていたのは、シンと同い年ながらシンカリオンの改造にも関わっている天才整備士・碓氷アブトだった。

だが、アブトはなぜかシンカリオンを運転できないのだという。

シンが何気なくその理由を尋ねると、アブトは表情を硬くしてその場を立ち去ってしまった……。