突如九州に現れた巨大怪物体を退けたのは、空を飛ぶ新たなシンカリオン、「シンカリオンＺ ８００つばめ」だった。
運転士は中洲ヤマカサ。シンたちよりひとつ上の小学６年生で、知力・体力ともに非常に優秀な運転士だという。

Ｚコードを探すため、ヤマカサと共に太宰府周辺を探索するシンたち。だが、重大な問題が発生した。なんと、ヤマカサはシンの妖怪話を「非科学的だ」と言い放ち、まるで取り合おうとしなくて……！？