アブトが夢で見た名古屋へやってきたシンたち。同じころ、超進化研究所 名古屋支部では、安城シマカゼ、安城ナガラというふたりの兄弟が「シンカリオンＺ Ｎ７００Ｓのぞみ」の運転士を決める最終試験に臨んでいた。

試験の結果は両者合格。しかし、兄のシマカゼは運転士の座を弟のナガラに譲り、自分は辞退してしまった。シマカゼに逃げられたようで気にくわないナガラ。その時、名古屋港に巨大怪物体が襲来して……？