シンが「シンカリオンＺ Ｅ５はやぶさ」に乗って戦っていることが姉のアユと母のトキにバレてしまった。シンは自分のやっていることを理解してもらうため、二人を横川の鉄道文化むらの「車両ペイントイベント」に誘う。鉄道文化むらには、ハナビやタイジュの家族や大宮支部のスタッフたちもやってきていた。

その頃、細川は島から特別な任務を任される。それは、京都支部の「シンカリオンＺ ５００こだま」のＺ合体に関する重大な任務で……？