京都・太秦映画村にヴァルトムが侵入し、アトラクションのエヴァンゲリオン初号機像を巨大怪物体に変えてしまった。だが、巨大怪物体化した初号機像は暴走し、ヴァルトムですら制御できない状態となってどこかへ姿を消してしまう。

翌日、インターネット上でささやかれる都市伝説「きさらぎ駅」を探して遠州鉄道に乗っていたシンたちは、降車した駅で不思議な雰囲気をまとった男と出会う。