徳島県大歩危、岩手県遠野。妖怪にゆかりの深い二ヶ所に新たな地下空間が見つかり、大興奮のシン。その直後、大歩危付近に子泣きじじいに似た姿の巨大怪物体が出現した。

折しも、愛媛県西条市ではハナビの父・タネビたちが翌日の花火大会の準備を進めている最中。対応を迫られる超進化研究所だが、四国にはシンカリオンＺが走行できる線路がない。果たして、Ｅ６こまちを大歩危に送り込む方法はあるのか……？