チームシンカリオンに新たな力が加わろうとしていた。その名も、Ｅ５はやぶさとドクターイエローによる「超Ｚ合体」。超進化研究所が総力をあげて開発した最高の機体性能を誇る。

しかし、「超Ｚ合体」を成功させるには、運転士であるシンとシマカゼの適合率が９６％以上、かつ二人の差が０．１％以内という厳しい条件をクリアする必要がある。シンとシマカゼは早速二人の息を合わせるための特訓を始めるが……？