宇宙にあるテオティの本拠地に行けると聞き、鹿児島県の桜島へ向かうシンたち。そこには超進化研究所の実験線があり、シンカリオンZを宇宙に打ち上げることができるのだという。
打ち上げタイミングは46時間後。また、宇宙に運べるシンカリオンZは一度で一編成だけだ。アブトと対話をするため、そしてテオティとの共存の道を探るため、打ち上げへのカウントダウンが始まる……!