突如現れた謎の流動体によってカンナギが地下に飲み込まれ、言葉を失うシンたち。同じ頃、ヴァルトムの策略によってブラックストーンが一斉に破壊され、全国各地にも謎の流動体が出現していた。

ブラックスト－ンが封印していた破壊神・アラバキが復活してしまったのか？　飲み込まれたカンナギの安否は？　急変した事態に対応するため、シンカリオンＺ各機は全国各地に急行する。