進開学園体育祭の伝統競技『三人四脚リレー』。タイセイ、アカネ、リョータの３人はクラスの代表として出場することになる。仲間達にも応援されながら練習に精を出す３人だったが、タイセイは函館で聞こえた謎の音声が気になり身が入らない様子。
そんな中、上野・大宮間に黒い新幹線が出現。ERDAは遂に黒い新幹線の捕獲に成功するが……。