進開学園中等部入学式の日に出会ったイナとレイジ。２人の担任となった高輪は教師として働きながら、「シンカリオン ０」の運転士としてアンノウンと戦う日々を送っていた。
適性値が下がりつつある彼は、機体と自分の体が限界に近づいていることを自覚しており、そんな時、新たな運転士候補が見つかるが……。