鉄道好きの中学2年生・大成タイセイは、行方不明の姉、イナの手がかりを求めて進開学園へと転入する。
九頭竜リョータ、青梅マイと出会い、2人が所属する鉄道部で 心を躍らせている矢先、街には10年ぶりにアンノウンが出現。
偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。