新しく完成した「超進化研究所・門司支部」へ行くことになったハヤトたち。移動手段は飛行機の予定だったが、ハヤトたっての希望で一行は新幹線に乗って九州に向かう。

九州に着いたハヤトたちを出迎えたのは「シンカリオン ８００つばめ」の新任運転士・大空レイだった。かねてよりハヤトたちに憧れていたというレイに「弟子になりたい」と言われて、ハヤトたちは戸惑う。