アキタ、ツラヌキ、シノブの奮闘により、ブラックシンカリオンを超進化研究所の地下試験場に閉じ込めることに成功。リュウジが操る『シンカリオン Ｎ７００Ａのぞみ』がブラックシンカリオンに立ち向かう。

一方ハヤトは、ホクトが運転する『シンカリオン ５００こだま』の到着を待っていた。『シンカリオン Ｅ５はやぶさ』と『シンカリオン ５００こだま』のクロス合体こそブラックシンカリオンに対抗するための新たなる力なのだ。果たしてホクトは間に合うのか……？