アブトが父の設計図どおりに作った「シンカリオンＺ Ｎ７００Ｓのぞみ」と「ザイライナー ＨＣ８５ヒダ」のＺ合体テストが失敗してしまう。このままでは父に追いつけないと焦るアブトは、島に連れられてかつての父の職場を訪れる。そこは、鉄道の技術革新の担い手・先導役である「鉄道総合技術研究所」だった。

その時、関ヶ原に巨大怪物体が出現。シンカリオンＺを待ち受けていたのは、ソウギョクがしかけた無数の敵だった。