鉄道博物館に「謎の巨人」が出現するという噂を聞きつけたシンは、ハナビ、タイジュ、アユとともに潜入調査を試みる。すると、彼らは本当に巨人らしき人影を発見してしまう。その巨人と友だちになるため、シンはアユたちを巻き込んで鉄道博物館で大捜索を繰り広げるが……？

その折、大宮支部を目がけて「闇の新幹線」が襲来。なんと「闇の新幹線」は自ら変形し、シンカリオンＺになって襲いかかってきた！