シンのひらめきで、テオティが狙う謎の結晶体、「ブラックストーン」のありかの手がかりがつかめた。これまで巨大怪物体が出現した場所が、昔からある街道沿いだということに気付いたのだ。

それを知ったゲンブは、シンたちを東京都内のさまざまな街道関連スポットに案内する。ゲンブには、かつてあった「万世橋駅」のことを通じてシンに伝えたいことがあるようで……？