- 【マキシマムドラゴン】
55話
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55話に登場した敵。全長90メートル。
【黒い貨物列車】に運搬されて地底世界から現れた【クレアツルス】の一種で、巨大なドラゴンの姿をしている。
巨大な図体からは想像のつかないスピードで動き回り、シンカリオンを翻弄。その機動力は『E6こまち』をもしのぐ。
- 【マスタートリロバイト】
54話
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54話に登場した敵。全長70メートル。
【黒い貨物列車】に運搬されて地底世界から現れた【クレアツルス】の一種で、古生代に生息した虫を連想させる姿をしている。
復元能力のある複数のコアを持つため、確実に倒すためには全てのコアを同時に破壊しなければならない。
- 【トラキュレントシャーク】
53話
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53話に登場した敵。全長35メートル。
【黒い貨物列車】に運搬されて地底世界から現れた【クレアツルス】の一種で、サメに似た姿をしている。海中深くに身を潜め、鋭い針のついたワイヤーを撃ち出して攻撃。針には金属を腐食させる「毒」が仕込まれており、シンカリオンの駆動部が触れるだけで致命傷となってしまう。
- 【ディノウイング】
52話
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52話に登場した敵。全長50メートル。
【黒い貨物列車】に運搬されて地底世界から現れた【クレアツルス】の一種で、翼竜に似た姿をしている。尾にプラスの電極を持つ個体とマイナスの電極を持つ個体が存在し、二匹の連携によって地面に超高圧の電流を放電、フィールドそのものを支配することでシンカリオンの動きを止めた。
- 【ホリッドブロッサム】
48話
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48話に登場した敵。全長60メートル。
【黒い貨物列車】に運搬されて地底世界から現れた【クレアツルス】の一種で、中世期に存在した原始的な被子植物を連想させる姿をしている。弱点である「コア」を体内に隠しているうえ、シンカリオンの武器を溶かす強力な粘液攻撃を繰り出すためうかつに接近できない。
- 【テレストリアル・サラマンダー】
46話
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46話に登場した敵。地底世界の生物である【クレアツルス】の一種で、36話に登場した【サラマンダー・ゾラ】の別個体である。【黒い貨物列車】によって運搬され地上に出現した。
- 【ヒュージタートル】
43話
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![ヒュージタートル]()
恐竜が生きていた白亜紀後期に生息した巨大亀、アーケロンに似た姿をしている。これまでの巨大怪物体と違い、現代人間社会のものが巨大化した姿ではなく、地底世界の生物、【クレアツルス】の一種であった。
- 【サラマンダー・ゾラ】
36話
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![サラマンダー・ゾラ]()
その正体は未だ不明だが、【キトラルザス】と同じく地底世界の住人であったようだ。
- 【ギガントブリッジ】
34話 瀬戸内海の大鳴門橋に出現
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![ガイスト・パンツァー]()
34話に登場した敵(巨大怪物体)。新幹線の線路がない瀬戸内海の大鳴門橋に出現した。
全長は驚異の340メートル。圧倒的なパワーを誇り、ちょっとやそっとの攻撃では微動だにしない。
【謎の新幹線】の力により67話で再登場。全長は推定450メートルにまで巨大化し、シンカリオンをたやすく振り払うほどのさらなるパワーを得た。
- 【キトラルザス】
33話
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ついに明かされた敵の種族の名前。
ヒトが地上に現れるよりもはるか昔から地球の内部で独自の進化を遂げてきたが、環境の変化によって進化が止まり、滅びゆく種族になりつつある。
彼らが地上への侵略を始めたのは、自らの滅亡を回避するためだった!
- 【ファーストエネミー】
33話 栃木県の片岡駅上空に出現
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![ガイスト・パンツァー]()
巨大な土偶の姿をしており、レーザー光線を放って攻撃する。
10年前に人類が初めて接触した巨大怪物体と同型。しかし、10年の歳月をかけて人類が進化させてきたシンカリオンとの力の差は歴然だったようだ。
- 【ガイスト・パンツァー】
32話 豊野駅付近に出現
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![ガイスト・パンツァー]()
周囲の景色に溶け込み、全身を完全に見えなくすることができる特殊な装甲を持つ。姿を見失った相手に対して不意打ちの砲撃で攻撃する。
- 【キングシトエル】
31話 静岡県熱海駅付近に出現
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これまでの巨大怪物体とは違い、どこか別の世界から現れたような姿をしている。
人間の心の壁のように強固な「A.T.フィールド」というバリアを展開し、あらゆる攻撃を無力化する。
- 【マオウ・ノブナガ】
30話 京都本能寺跡に出現
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![マオウ・ノブナガ]()
天下統一の志半ばにして倒れた織田信長の無念を敵幹部・スザクが捕らえ、信長の遺品である【焼け兜】に【黒い粒子】とともに融合させることによって生まれた怪物。巨大な武将の姿をしている。巨大怪物体にあるまじき素早さから放たれる刀での斬撃が得意技である。
- 【マリーンハンター】
29話 静岡県熱海の海辺に沿岸部に出現
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![マリーンハンター]()
2体同時に出現した。2体とも同じ見た目で、【黒い粒子】によってシャチが巨大化した姿をしている。特殊な超音波によってシンカリオンの通信を遮断し、音を聞こえなくしてしまった。得意技は高速旋回で背後を取ってからの一斉射撃。
- 【インベイジョンプラント】
28話 愛知県・中京工業地域の沿岸部に出現
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![インベイジョンプラント]()
体長は約40m。(工場そのものに【黒い粒子】が付着し、怪物体となった。)
3体同時に出現し、大将の1体を守るようなフォーメーションを組んで戦う。このようなコンビネーションは【巨大怪物体】には見られなかった。
- 【ブラックシンカリオン バーサーカーモード】
26話
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![ブラックシンカリオン・バーサーカーモード]()
さらなる凶悪な進化を遂げたブラックシンカリオンの姿。二本の剣と無数のミサイルを装備し、遠近どちらの敵に対しても圧倒的な戦闘力を持つ。さらに、これまで戦った様々なシンカリオンの必殺技をコピーして使ってくる最悪の敵だ。
- 【ブラックシンカリオン ドラグーンモード】
25話
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![ブラックシンカリオン・ドラグーンモード]()
『ブラックシンカリオン』がノーマルモードから更に変形し、竜のような姿に進化したモード。敵のエージェントたちが人間の進化の力を理解することで解放された。
空中を自在に舞うことができるため、開けた場所での戦闘を得意とする。
- 【デヴィリッシュ・セルラー】
24話 【新幹線超進化研究所】に出現
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![デヴィリッシュ・セルラー]()
体長は約20cm。上田アズサのスマートフォンに【黒い粒子】が付着し、怪物体に進化した。その体長から、いつもの【巨大怪物体】ではなく【極小怪物体】と呼ばれる。
小さな体を活かして【新幹線超進化研究所】に侵入。内部の様子を撮影するだけでなく、シンカリオン関連のデータを盗み出そうとした。
ちなみに、怪物体になったあとも上田アズサ宛の着信は届く。
- 【ノブナガスイグン】
23話 三重県伊勢志摩の海上に出現
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![ノブナガスイグン]()
戦国時代の軍船に似た姿をしており、強力なレーザー砲と堅固な装甲を持つ。
水中には展開できない【捕縛フィールド】の弱点を突き、海中に潜ってフィールドを突破。紀伊半島を迂回して大阪港への移動を試みた。
- 【マントル・イーター】
22・23・35話 鹿児島県桜島の火口に出現
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![マントル・イーター]()
全長は50メートル。
火山の岩石が合体した姿をしている。【捕縛フィールド】の耐熱限界を超えるほどの高熱を発しており、吐き出すマグマ攻撃はシンカリオンの装甲を変形させてしまうほど。マグマの中に姿を消し、地底を伝って別の火山へ移動することもできる。
35話で再び登場。敵の本拠地の手がかりを求めて桜島の火口の中へ調査に向かった『シンカリオン 800つばめ』を無数のマントル・イーターが待ち受けていた。
- 【スカイハイ・ギガ・ブースター】
21話 福岡県上空に出現
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![スカイハイ・ギガ・ブースター]()
ロケット型をしており、音速を超える速さで超高高度を飛行。【捕縛フィールド】のビームをかわすほどの機動力を見せた。攻撃方法は急降下しながらのミサイル爆撃。
- 【レイルローダーⅡ】
20話 栃木県黒磯付近に出現
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![レイルローダー2]()
1話で戦った【レイルローダー】が進化した姿をしている。
- 【ブラックシンカリオン】
18・19話
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![ブラックシンカリオン]()
敵の操る【漆黒の新幹線】が「ブラックシンカギア」によって変形した姿。
その外見は禍々しいが、シンカリオンそのもの。シンカリオンに対抗するための多彩な武器によってハヤトたちを追い詰める。
- 【ビッグアイ】
17話 大阪の道頓堀川に出現
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![ビッグアイ]()
体の内部にあるレンズでシンカリオンの細部をとらえ、爪楊枝のようなビットを飛ばしてピンポイント攻撃をしてくる。しかも、レンズは硬い殻と粘度の高いゲルで保護されている。その特性はまるで大阪名物の「ある食べ物」にそっくりで…?
- 【ロープスパイダーⅡ】
15話 北海道函館市に出現
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![ロープスパイダーⅡ]()
体長は推定45メートル。
ロープスパイダーが巨大化しただけでなく、冷凍用のコンプレッサーを取り込んだことで口から吐くワイヤーの威力を強化している。
- 【ロープスパイダー】
15話 北海道函館市に出現
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![ロープスパイダー]()
体長は推定25メートル。
クモと函館山のロープウェイのゴンドラが融合した姿をしている。【捕縛フィールド】内に鋼鉄でできたワイヤーロープの巣を張り巡らせ、フィールドを破壊しようとした。
- 【PSYディーバ】
14話 お台場で行われていた【スーパー・スパイス】のライブ会場に出現
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![PSYディーバ]()
ライブ用のセットの女神型モニュメントが変化した姿をしている。体操で使うバトンや魔法のスティックのような武器を操り、まるでライブの演出のような攻撃をする。
- 【プログレスクリーナー】
11話
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体長は推定30メートル。
廃品の掃除機に【黒い粒子】が付着し巨大化した。しかし、三機のシンカリオンと対峙しても「スリープモード」のまま全く動く様子がなく……?
- 【ワイルドボア】
10話 山形県大沢駅付近に出現
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体長は推定40メートル。【ミニ新幹線】区間である山形県大沢駅付近に出現した。大型ながらパワーだけでなくスピードも兼ね備える。
片目に傷のある野生のイノシシに【黒い粒子】がまとわりついて【巨大怪物体】になってしまった。その姿になったあとも、片目の傷は残っている。
- 【マイティクラブ】
9話 岩手県に出現
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体長は推定35メートル。
蟹のような姿をしており、『E5はやぶさ』の【カイサツソード】だけでなく『E7かがやき』の【シャリンドリル】をも跳ね返す強固な甲羅を持つ。さらに、その体には秘密があるようで……?
- 【フュリアスフレイム】
8話 新潟市内の火祭り会場に出現
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体長は推定25メートル。
炎そのものが人の形になった姿をしている。『E6こまち』の【フミキリガン】による放水で消火できるかに思われたが……?
- 【スターストリーム】
7話 東京湾岸大井車両基地付近の海面から出現
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体長は推定30メートル。ヒトデのような姿をしているが、生物なのかロボットなのかは不明。
- 【アイアンスチーマー】
5・6話 金沢―新高岡区間に出現。
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体長は推定40メートル。元々の姿は金沢の博物館から盗まれた蒸気機関車。
凄まじい馬力を活かして【捕縛フィールド】に何度も体当たりし、破壊して外に出ようとする。『E5はやぶさ』、『E6こまち』は二機がかりでそれを防ごうとするが、圧倒的なパワーの前に押しとどめるのが精一杯で……?
- 【フロストツリーⅡ】
4話 宮城県仙台―白石蔵王間のトンネル付近に出現
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体長は推定30メートル。
3話に登場した雪原の巨大怪物体【フロストツリー】が進化した姿をしている。3話同様、胸の中央を攻撃すれば倒すことができるはずだったが……?
- 【フロストツリー】
3話 宮城県名取市付近に出現
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宮城県名取市付近の雪原そのものが怪物になった。
周囲に吹雪を発生させ、樹氷の中に姿を隠して『E5はやぶさ』を翻弄する。
- 【マッドフェリス】
2話 福島県郡山市付近に出現
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体長は推定50メートル。福島県郡山市付近にあった廃遊園地のアトラクションが融合した姿をしている。
- 【レイルローダー】
1話 栃木県片岡に出現
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体長は推定30メートル。栃木県片岡に出現し、付近にあった鉄道資材が融合した姿をしている。
『E6こまち』、『E7かがやき』と激しい戦いを繰り広げ、一度は【新幹線超進化研究所】に捕らえられたが……?