三島で新幹線の写真を撮っていたハヤトの前に、走っているはずのない新幹線が現れる。
その新幹線は『500 TYPE EVA』。すでに運行終了したはずの幻の車両だ。
大興奮で『500 TYPE EVA』を追いかけていくハヤト。その先で彼が見たのは、山あいに広がる近未来的な都市だった。偶然通りがかった『洞木三姉妹』に連れられて、ハヤトはその不思議な街の名前を知る。
その都市の名は「第三新東京市」――。