夏休みの自由研究に熱中するあまり他の宿題を全くやっていなかったハヤトは、宿題を終えるまで超進化研究所に出入り禁止と言われてしまう。

これまでの戦いを振り返りながら大慌てで絵日記の宿題を進めるハヤト。その時、人類にとって因縁の相手ともいうべき巨大怪物体が現れる。果たしてハヤトは無事に宿題を終え、シンカリオンで出撃することができるのだろうか……？