憧れの特別席『E5系はやぶさ グランクラス』。その車両に乗って仙台へ行くことになったハヤトはいつにも増して興奮していた。夢のような体験のせいでおかしなテンションになるハヤト。そんな彼に振り回されながら、シャショットは最近のハヤトとゆっくり話せていないことを気にしていた。

一方そのころ、新たなキトラルザスの帰還を受けて、地底世界の敵エージェントたちの間に新たな動きが起こっていた……！