前回の戦いで損傷した『Ｅ３つばさ』がしばらく出動できなくなってしまい、元気のないシノブ。ハヤトたちは彼のために超進化研究所でのクリスマスパーティーを企画するが、なんとシノブはクリスマスのことを知らなかった！

そんな中、アズサはふと思い立って上野駅を訪れ、再びセイリュウと出会う。帰る場所を失ったセイリュウに、アズサは研究所のクリスマスパーティーに参加しないかと持ちかける。