『シンカリオン E5はやぶさ』を操縦し、見事に敵を撃破したハヤト。
車掌ロボのシャショットは、誰も動かせなかった『シンカリオン E5はやぶさ』を操ることができた運転士であるハヤトのことを「相棒」と呼んで大歓迎する。
しかし、まだ小学生のハヤトを危険な戦いに巻き込むことについて父・ホクトが苦しんでいることを知ってしまったハヤトは、もうシンカリオンには乗らないつもりでいた。
そんなときに、またしても巨大怪物体が現れる……。