11年前のこと。新幹線の運転士として働いていた速杉ホクトは突然本社から呼び出され、「新幹線超進化研究所」なる施設の職員にならないかと勧誘される。研究所の目標は次世代の科学技術を開発すること。その第一歩として「超進化速度」の実用化を目指すというのだ。

それぞれの夢を抱いて超進化研究所に集まった人々。その中には、八代イサブロウの姿もあった。