ハヤトを除いた全国のシンカリオン運転士たちが東京駅に集結し、キトラルザスのリーダー・カイレンとの決戦の火蓋が切って落とされた。だが、謎の力を取り込んだカイレンは9機のシンカリオンの攻撃を圧倒的な力ではねのけてしまう！

そのころ、とうとうドクター・イザとの対面を果たしたハヤトは、地底世界にあるもう一機の「Ｅ５」を前にしていた。その名も、『シンカリオン Ｅ５はやぶさ ＭｋⅡ』