ついに三人揃ったシンカリオンの運転士たち。しかし、エースは自分だと言い張るツラヌキと自分のやり方にこだわるアキタの相性は最悪。彼らの連携がうまくいかず、進化する敵に思わぬ苦戦を強いられてしまう。
ハヤトの父・ホクトはそんなふたりに「このままでは勝てない」と告げる。敵を倒すには、ハヤトたちにあって敵にないものを見つけなければならない。
そんななか、ホクトにもある重大な辞令が下されて……？