ホクトに代わって指導長代理を任された三原フタバは、個性豊かなシンカリオンの運転士たちをどうまとめていけばいいか悩んでいた。その悩みを聞いた指令長の出水シンペイは、ハヤトたちを含めた研究所スタッフ総出での温泉旅行を提案する。
不思議なことに、敵は一行の旅行先近辺に出現した。秘湯めぐりに行ってしまった出水が戻らないなか、ハヤトたちはフタバを中心に敵に立ち向かう。