ハヤトは出水指令長のはからいで京都にいるホクトに会いに行けることになった。母のサクラ、妹のハルカも一緒だ。久しぶりに家族が揃うこと、そして『東海道新幹線Ｎ７００Ａのぞみ』に初めて乗れることにハヤトは大はしゃぎだ。
ハヤトが安心して家族水入らずの時間を過ごせるよう、「出動があっても任せろ」と彼を送り出したアキタ、ツラヌキ、シャショットたち。だが、そんな彼らの前にかつてない敵が現れる……！