ブラックシンカリオンオーガを道連れに地底世界へと戻っていったセイリュウのブラックシンカリオン。セイリュウは自分ひとりでキリンとの決着をつけるべく、地底世界とヒトの世界を繋ぐ桜島の洞窟を破壊してしまった。
さらに、新宿の大事件を受けて、超進化研究所にシンカリオン出動禁止の命令が出されてしまう。このままではセイリュウを助けに行くことはおろか、シンカリオンに乗ることすらできない状況で……？