キリンが操るブラックシンカリオンオーガをとらえ、転送によって名古屋に戻ってきたハヤトたち。リュウジやタツミも合流し、キリンとの決着をつけるために畳みかける！
しかし、ブラックシンカリオンオーガは秘められた力を解放し、最終形態に変形。全てのシンカリオンのデータを集めて作られた究極の敵を前にハヤトたちは手も足も出ない。
そのころ、超進化研究所では「黒い粒子」に関する不思議なデータを発見していた。